Tras más de una década en Europa, Juan Vargas volvió a Universitario de Deportes, club donde se formó y debutó en el fútbol profesional el año 2002. Se esperaba que el 'Loco' liderara de buena forma una 'U' en busca del título, sin embargo, Juan tuvo un mal paso con la crema.
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El 2017 fichó por Universitario de Deportes, no obstante, no estaba en un buen estado físico. Fue el capitán crema por muchos partidos (26 en total), hasta la llegada del técnico Nicolás Córdova a mediados del 2018.
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El 29 de septiembre del 2019 se cumple un año del último partido de Juan Vargas en el fútbol profesional. Su último partido con Universitario de Deportes en la caída 4-2 ante Ayacucho FC . En ese encuentro, Juan Vargas vio la roja directa, y el estratega chileno no lo volvería a tomar en cuenta hasta fin de año.
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