El 29 de setiembre del 2019, Juan Vargas disputaba su último partido como futbolista profesional. Vistiendo la camiseta de Universitario, el defensor fue expulsado luego de ingresar en el segundo tiempo en el encuentro donde los cremas cayeron de visita 4-2 ante Ayacucho.
Vargas no volvió a jugar más y aunque nunca anunció su retiro, se alejo del fútbol profesional. En los años posteriores se dejó ver en algunas ocasiones y el 2021 no fue la excepción. El ‘Loco’ apareció en un corto video enviando saludos a la fanpage ’Fútbolmanía Perú'.
Juan Vargas debutó con camiseta de Universitario la temporada 2002. Tras dos años con buen rendimiento que estuvo acompañado de goles, fue fichado por Colón de Argentina.
Logró destacar en el fútbol argentino y fue traspasado al Catania de Italia y luego a la Fiorentina. Con el descenso de su nivel, pasó por Genova y Betis, para finalmente volver a Universitario el 2017.
En el equipo de Ate, Vargas disputó 48 partidos, anotando 6 goles. Durante sus dos años en el cuadro crema, fue el capitán del equipo.