El 24 de noviembre de 2008, Manuel Burga, entonces presidente de la FPF, tuvo que encarar el momento más difícil de su gestión cuando la FIFA suspendió a Perú de todas las competiciones, tras un largo conflicto entre la FPF y el Instituto Peruano del Deporte (IPD). Aquella vez este polémico personaje no quiso abandonar su cargo ante la presión del Gobierno, por lo que recurrió a la FIFA y esta aplicó un castigo temporal.
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La FPF fue suspendida por los problemas que hubo entre Manuel Burga y Arturo Woodman, en ese entonces presidente del IPD. Felizmente para algunos y sobre todo para Manuel Burga, el castigo cesó en solo un mes, pues llegaron a un importante acuerdo para que los del IPD no se metan con el trabajo de la FPF.
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Fue el propio Joseph Blatter, presidente de la FIFA, quien en reunión de prensa comunicó el levantamiento del castigo, convencido de que la carta de buena fe, enviada a su organismo, con las firmas del titular del IPD, Arturo Woodman, y de la FPF, Manuel Burga, y respaldada por el miembro del Comité Olímpico Internacional (COI), Iván Dibós y el presidente de la ADFP, Rafael Rizo Patrón, pusieran fin al conflicto.