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El 24 de noviembre de 2008, Manuel Burga, entonces presidente de la FPF, tuvo que encarar el momento más difícil de su gestión cuando la FIFA suspendió a Perú de todas las competiciones, tras un largo conflicto entre la FPF y el Instituto Peruano del Deporte (IPD). Aquella vez este polémico personaje no quiso abandonar su cargo ante la presión del Gobierno, por lo que recurrió a la FIFA y esta aplicó un castigo temporal.
La FPF fue suspendida por los problemas que hubo entre Manuel Burga y Arturo Woodman, en ese entonces presidente del IPD. Felizmente para algunos y sobre todo para Manuel Burga, el castigo cesó en solo un mes, pues llegaron a un importante acuerdo para que los del IPD no se metan con el trabajo de la FPF.
Fue el propio Joseph Blatter, presidente de la FIFA, quien en reunión de prensa comunicó el levantamiento del castigo, convencido de que la carta de buena fe, enviada a su organismo, con las firmas del titular del IPD, Arturo Woodman, y de la FPF, Manuel Burga, y respaldada por el miembro del Comité Olímpico Internacional (COI), Iván Dibós y el presidente de la ADFP, Rafael Rizo Patrón, pusieran fin al conflicto.