Jugó un total de 61 partidos con la selección de Paraguay. A Francisco 'Chiqui' Arce no le fue bien ante Perú como jugador y espera, seguramente, sacarse el clavo este viernes en el Nacional, pero ahora como técnico. El 12 de febrero de 1997, para las Clasificatorias al Mundial de Francia, Perú venció en Asunción 2-1. Arce jugó todo el partido. El 16 de noviembre del mismo año, Paraguay se cobraría la revancha en Lima y vencería 1-0. Por la Copa América de Paraguay en 1999, nuestra selección perdió con la dueña de casa por 1-0. Arce también jugó todo el encuentro. Un año más tarde (2000) pero en Lima, la blanquirroja le ganaría 2-0 a su similar paraguayo. Este partido se disputó por las Clasificatorias al Mundial de Japón y Korea. La revancha sería el 15 de noviembre, Perú se alzó con el triunfo: 5-1. Finalmente en el 2003, el Nacional sería testigo de otro triunfo bicolor. Arce también jugó todo el encuentro. El partido válido para las Clasificatorias al Mundial de Alemania 2006 terminó 4-1, a favor de los nuestros.