Edwin Pérez conoció todas las etapas del fútbol peruano. Se inició jugando en equipos de ligas distritales y de Copa Perú. También formó parte de equipos en Segunda División (Alcides Vigo, Sport Agustino). 'Flemita' llegó a primera División para defender las camisetas de Melgar y Cienciano. En el 2006 fue transferido a la Universidad San Martín, club con el que ganó 2 campeonatos nacionales e inclusive integró la selección peruana.
Edwin Pérez fue llamado una sola vez a la selección peruana, cuando Freddy Ternero tomó las riendas de la blanquirroja. 'Flemita' disputó del partido ante Venezuela por las eliminatorias rumbo a Alemania 2006. En aquella oportunidad la bicolor cayó 4-1 ante la 'Vinotinto'. Ya en 2009, pasó por Sporting Cristal, donde se mantuvo dos temporadas en el equipo celeste, desligándose del mismo a fines de 2010.
Al año siguiente fichó por León de Huánuco, sub campeón del Descentralizado en aquella temporada. Edwin Pérez, popularmente conocido como 'Flemita', campeón con la Universidad San Martín de Porres en las temporadas 2007 y 2008, es ahora el director técnico del Unión Huaral, club que milita en la Segunda División del fútbol peruano.
El ex mediocampista santo, actualmente con 41 años, buscará el ascenso a Primera y ser parte del Torneo Descentralizado 2017 con los 'Naranjeros', que cuenta con experimentados jugadores como Michael Guevara, César Doy y John 'Churrito' Hinostroza. Edwin ‘Flemita’ Pérez ya había tenido a su cargo al Unión Huaral en las últimas cuatro fechas del campeonato 2015, y para esta temporada la directiva le renovó la confianza al ex mediocampista santo que era asistente técnico de Willy Laya.
Edwin Pérez se retiró del fútbol en 2013 con la camiseta del Sport Ancash. Antes pasó por Coronel Bolognesi, Melgar, Cienciano, Universidad San Martín, Sporting Cristal, León de Huánuco, Universidad César Vallejo, entre otros clubes nacionales.
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¡ROMPIÓ SU SILENCIO! #JorgeSampaoli reveló la razón de su salida de #SportingCristal https://t.co/fFcvEZUT5V pic.twitter.com/4phqs4KKs4— Diario El Bocón (@elbocononline) 27 de abril de 2016