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Apenas tenía unos meses en el Bayern Münich y ya era partícipe de los logros de su equipo. Claudio Pizarro se afianzaba en el once titular bávaro y en Tokio-Japón logró su primer título internacional.
Un 27 de noviembre de 2001, Otmar Hitzfeld mandó al peruano de titular en este encuentro clave ante Boca Juniors que era campeón de la Copa Libertadores. El 'Bombardero' no desentonó en los 118 minutos que jugó.
En tiempo suplementario, el defensa Samuel Kuffour (109') capitalizó una pelotera en el área argentina para marcar el gol de la consagración para Bayern Munich. Claudio Pizarro empezó a escribir una historia exitosa.