Cuando uno pregunta por Juan Manuel Vargas la mayoría de gente aficionada al fútbol lo confunde con un ex jugador y es que el popular 'Loco' este año prácticamente se la pasó sin jugar a pesar de que en su momento perteneció al Real Betis de España.
Su falta de competencia oficial, sus constantes indisciplinas, su vida nocturna y su falta de compromiso hizo de que el entrenador de la selección peruana ya no lo considere más para los partidos de la Blanquirroja en la Copa América Centenario y las Eliminatorias Sudamericanas para el Mundial de Rusia 2018. El 'Loco' acaba de tener su quinto hijo, Vitto y ahora su esposa Blanca Rodríguez, luce las fotos con Juan Manuel Vargas y el nuevo integrante de su familia.
El 12 de agosto del 2015 Juan Manuel Vargas firmó un contrato por dos temporadas con el Real Betis, club que recién había ascendido a la Primera División de España. El 'Loco' había culminado su contrato con la Fiorentina. El volante izquierdo debutó oficialmente en el Betis el 23 de agosto en el empate 1-1 ante el Villarreal. Su primer gol con la camiseta del Betis lo marcó en el partido de los dieciseisavos de final de la Copa del Rey cotejo de ida que ganaron por 2-0 ante el Real Sporting de Gijón. En su primera temporada en España jugó 20 cotejos del torneo español e hizo dos goles, uno en el empate 2-2 ante el Deportivo de La Coruña y otro en la victoria por 3-0 sobre el Deportivo Español. Su equipo acabó en el puesto 10 con 45 puntos. El último 31 de agosto de 2016 se desvinculó del club tras no estar en los planes del técnico uruguayo Gustavo Poyet.
Fue convocado para participar en la Copa América 2007, pero no llegó a disputar dicho torneo debido a una luxación sufrida en su codo derecho durante un entrenamiento. A pocos días del inicio de la Copa América 2011, sufrió un desgarro muscular por lo que su participación en la competición estuvo en duda. Sin embargo tuvo una rápida recuperación y fue convocado para el certamen continental.
Ante Uruguay, el 'Loco' ingresó por Yoshimar Yotún. Luegom arrancó ante México y no jugó en la derrota ante Chile. Su único gol en este torneo lo hizo en los cuartos de final en la victoria 2-0 ante Colombia. En semifinales jugó ante Uruguay, pero fue expulsado y perdimos ante los charrúas. No jugó ante Venezuela por la definición por el tercer lugar, donde logramos la medalla de bronce.
El 11 de mayo del 2015 fue convocado por el técnico Ricardo Gareca para participar en la Copa América Chile 2015. El estreno de la blanquirroja se produjo el 14 de junio perdiendo por 2-1 ante Brasil. Cuatro días más tarde obtuvo su primera victoria al derrotar por marcador de 1-0 a Venezuela. Y cerró su participación en la primera fase con un empate sin goles ante Colombia. En los cuartos de final enfrentó a Bolivia y ganó por 3-1. En la siguiente ronda enfrentaron al dueño de casa, Chile y los locales se llevaron la victoria por 2-1. En el encuentro por el tercer lugar el conjunto peruano enfrentó a Paraguay y el partido terminó con una victoria por 2:0, con este resultado Perú ocupó nuevamente el tercer lugar de la competición. El 'Loco' Juan Manuel Vargas fue titular en los seis partidos que disputó su selección.
Para las Eliminatorias Gareca convocó al 'Loco' Vargas para la fecha doble de marzo ante Venezuela y Uruguay y solo juega el primer partido ante la 'Vinotinto', el 24 de marzo en el empate 2-2, pero no viaja a Montevideo para el segundo cotejo por lesión y desde ahí el 'Tigre' le bajó el dedo y nunca más lo convocó. Fue un año negro para el 'Loquito' Juan Manuel Vargas, a quien ahora vinculan para volver a la 'U'.