Roberto Mosquera no la pasó nada bien en su paso por Alianza Lima, pues el técnico llegó en el 2016 con bombos y platillos pero se terminó yendo por la puerta falsa tras una pésima primera etapa, donde los hinchas exigieron su salida y finalmente fue Juan Jayo quien se terminaría quedando con el puesto de director técnico en Alianza Lima. Para Radio Ovación, Roberto Mosquera recordó su paso por el cuadro de La Victoria, dejando una frase más que intersante.
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"Todo el mundo sabe como juegan mis equipos, he plasmado mi juego en todos los lugares que he estado. Desde Bolognesi hasta Aurich, todos mis equipos han jugado bien; estética y eficacia, de eso se trata mi estilo. De repente el club donde menos he podido hacerlo es Alianza, pero ellos tienen problemas extradeportivos que resolver y eso la dirigencia lo sabe, en algún momento darán la solución", fue lo primero que dijo Roberto Mosquera sobre Alianza Lima.
Respecto a su salida, el técnico Roberto Mosquera señaló: "Nunca tuve problemas con la hinchada de Alianza, nunca tuve ningún tipo de acercamiento con ellos porque no dependo de ellos, sino de los resultados. Cuando no consigues resultados, lo más probable es que dejes el cargo. Quién sabe, si me quedaba en Alianza de repente campeonaba, nadie lee el futuro ni sabe lo que puede haber pasado. Aparte, en Alianza hace tiempo existe una presión al jugador que no se puede resolver, la directiva en algún momento actuará", dijo Mosquera.
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Actualmente Roberto Mosquera dirige a Jorge Wilstermann de la primera división de Bolivia y está disputando los octavos de final con dicho equipo, habiendo ganado el primer partido por lo que tiene muchas chances de dar el golpe en Brasil ante Atlético Mineiro.