Juan Manuel Vargas volvió a Universitario de Deportes tras trece largos años, de inmediato revivió en los hinchas el recuerdo de sus potentes disparos y goles a favor de los colores merengues. Casualmente el último que marcó fue ante Sporting Cristal meses antes de partir al fútbol argentino.
Universitario de Deportes y Sporting Cristal se enfrentan por el Torneo Clausura 2004, celestes terminaron venciendo por 4-2 gracias a goles de José Moisella, Jorge 'Camello' Soto, Juan Comingues y Henry Quinteros. Mientras que por los cremas Juan Manuel Vargas fue uno de los encargados de poner el descuento por la vía de los doce pasos.
Tras eso Juan Manuel Vargas partiría al Colón de Santa Fe, donde resaltaría gracias a su técnica de pegada al balón marcando varios golazos, incluido uno a Boca Juniors en la misma Bombonera. Luego pegaría el salto a la Serie A para jugar por Catania, Fiorentina y Bologna antes de tentar un nuevo camino en Betis de España.
Hace más de seis meses Juan Vargas rescindió su contrato con el Real Betis y desde ahí no juega un solo partido oficial. El futbolista ha estado parado mucho, esto sumado al tiempo que estuvo de baja por una lesión y que le impidió terminar jugando la temporada pasa. Esto hizo que se le dificulte encontrar un nuevo club hasta que se confirmó su vuelta a Universitario de Deportes.
Es preciso recordar que el último partido de Juan Manuel Vargas con la selección peruana fue el año 2016 con Venezuela en Lima. El partido terminó 2 a 2 y de ahí en más no fueron convocados. Ambos incluso se perdieron la Copa América Centenario.
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— Diario El Bocón (@elbocononline) 3 de enero de 2017